在小智他们被吸进飞船之前，亚细亚岛的人们在屋子里看着电视报道天气情况——
“突然在全世界发生的异常变化，被认为是深层海流发生了异变所引起的。深层海流是在这个星球的海底深处所流动的海流，据说控制着全世界的气候、天气和自然……”
与此同时，在真新镇的大木研究所。大木博士与花子也一起观看着电视。
大木博士看到后说道：“就算是那个深层海流发生了异变吧……”
大木博士说着，外面的雷电越来越强。
电视继续播道：“据说异变的中心处于橘子qun岛附近……”
大木博士听到后惊讶地说道：“橘子qun岛？”
而旁边的花子一脸担忧的说道：“就是小智他们旅行的地方附近……”
然后电话响起，大木博士接住电话后，画面出现的内木博士。
“我是橘子qun岛的内木博士。”
“哦，内木。”
“橘子qun岛的小精灵们发生了异变……”
在亚细亚岛的祭坛，有一位河马王在自言自语的说道。
“火之神、雷之神、冰之神，是神圣不可侵犯的……唉，伤脑筋……”
在飞船中心，一个青年人看着急冻鸟的影像说道。
“再抓住余下的急冻鸟的话，他就会出来……”
在青年人看着一个雕像的时候，属下来报。
“十分抱歉，在捕获闪电鸟的时候抓到了多余的东西。”
“多余？”
而被捉进飞船的小智等人被困在一个牢笼中，小智惊讶着看着被特殊牢笼困在的火焰鸟和闪电鸟。
而一旁的芙萝拉则看着一个古老的石板，因为上面熟悉的文字而不自觉的读了出来。
“火之神、雷之神、冰之神。神圣不可侵犯……”
就在这时候，从上空降下来一个类似电梯的东西。
然后，在里面的青年人对着小智等人说道。
“你们是第一批没有接到邀请函就来到这里的人。觉得如何，火之神——火焰鸟，雷之神——闪电鸟。我的新收藏品……”
小智等人在听到后十分气愤，然后小霞说道。
“等下，大叔。要收服小精灵的话怎么不把它们放在精灵球里呢，这样不是在侮辱它们吗？”
而青年人毫不在意的说道。
“我可不是什么小精灵训练家，而是收藏家。能用我的眼睛看到的实物才叫收藏品，看吧，我的收藏品。不过，可不要用手碰哦！那是礼貌……”
说着就放开了小智等人，然后青年人就收到属下的来报。
“急冻鸟开始移动了！”
“要来了吗，冰之神——急冻鸟。”
说完青年人就用电梯回到飞船中心。
只留下小智等人茫然的说道。
“……冰之神——急冻鸟……”
而这时，外面已经是冰天雪地。急冻鸟开始冰封整个亚细亚岛附近。
与此同时，亚细亚岛的人们在观看着电视报道。
“深层海流异常的中心在橘子qun岛的亚细亚岛附近，另外，全世界的小精灵不知为何正在向着亚细亚岛方向移动。水系小精灵渡海过去，不能渡海的小精灵则集结在离亚细亚岛最近的陆地上。关于这个现象，我们来请教一下大木博士和内木博士的意见。”
电视画面转向在直升机里的大木博士，大木博士说道。
“传说中亚细亚岛附近住着火之神、雷之神和冰之神。用科学分析的话，就是被称为冰之神的某物的力量把海水冰冻的话，被称为火之神的某物的力量就把冰融化。这就形成了海底的海流。”
大木博士说着就在纸上画图作比喻。
而这时电视台的工作人员问道：“海底的海流……？”
“然后在被搅拌的海水中，雷之神的电流发挥作用，制造出生物之本的蛋白质。”
“那即是怎样？”
“也就是说，三个神的平衡使得深层海流平缓流动，诞生出这个星球的生命。深层海流的中央就是生命的诞生处，也可以说是所有生命的故乡。异变的原因是三种力量的平衡关系在某种形式上破坏了。只能认为小精灵们预感到这个星球的灭亡，虽然以他们的力量也许不能做什么。但正因为小精灵们与这个星球的自然有密切关系，才本能的感觉到非做什么不可而聚集在一起。”
花子在听后明白的点点头，而这时工作人员问她。
“那你是……？”
“我的儿子就在橘子qun岛上，既喜欢乱来又不顾后果，得意忘形的话，还不知道会做出什么。遇到危险就糟了，你说是吧……”
而此时的急冻鸟正在冰封整个橘子qun岛。
小智等人在飞船上看着下面的海洋。
圣代惊讶地说道：“哇！南方海洋竟然全都被冰封了。”
这时，芙萝拉看着石板说道。
“火之神，雷之神，冰之神。神圣不可侵犯，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡……传说变成现实了……”
小智说道：“我们要做些什么才行……”
说着便用身体撞向囚禁着火焰鸟的牢笼，可是被反弹了回来。
小霞看到后说道：“你傻了！要能那么容易撞开的话，火焰鸟他们早就打开了。”
“也对哦，那皮卡丘、妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙。你们上！”
说着小智就派出小精灵来打破牢笼。
然后，皮卡丘使用十万伏特，妙蛙种子使用飞叶快刀，杰尼龟使用水枪，喷火龙使用喷射火焰。
过了一会后，科拿看着皮卡丘他们的攻击说道。
“水通过电可以分为氢和氧（H2加O），再加上火的话……糟了，大家快趴下！”
科拿说着关着火焰鸟的牢笼就发生了大爆炸。
爆炸的冲击正好打破火焰鸟的牢笼，然后火焰鸟一发喷射火焰就打破闪电鸟的牢笼。
接着，火之神和雷之神得到解放，开始胡乱攻击。
他们的攻击正好打中飞船，接着飞船开始向雷之岛迫降。
小智他们也得以逃生……
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